Le Comte Henri le Libéral (sa dévotion à Saint-Nicolas est historique), comme la paroisse Saint-Jean est bien loin en ville, décide la création d’une chapelle de secours sur le rempart, contigüe au château fort élevé pour la défense de la ville (XIIe siècle). Elle doit servir aussi bien aux gens du château (la vicomté), qu’aux manants hors les murs.
Le recteur de Saint-Nicolas se rend à Jérusalem, pour visiter les Lieux Saints. En Palestine, il vénère le tombeau du Sauveur, va à la montagne de Sion, à celle des Oliviers, Bethléem, le mont Thabor… et revient à Troyes, s’arrêtant à Rome, Saint-Jacques de Compostelle, Saint-Nicolas du Port… et en 1504, il fait édifier à ses frais, un calvaire et un sépulcre..
Mais, le terrible
incendie de 1524, réduit Saint Nicolas à des pans de murs. Les marguilliers de
la paroisse s’adressent au pape Clément VII, le suppliant d’ouvrir les trésors
de l’Eglise. Les paroissiens multiplient les sacrifices d’argent nécessaires
pour faire face aux dépenses. L’évêque Guillaume Petit obtient de l’autorité
ecclésiastique la permission de quêter dans les églises de son diocèse. En
1525, le pape accorde une bulle d’indulgences en faveur de la réédification de
l’église. Grâce à ces ressources, la première pierre est posée le 23 avril
1526, le conseil de fabrique décida l'agrandissement de l'édifice. Le maitre
maçon Gérard Faulchot proposa un plan qui fut mis en réalisation en avril ; un
long chantier acheva les parties basses du chœur en 1535 et la partie nord de
l'église. Son fils Jean édifia les chapelles de la nef puis le côté sud de 1551
à 1553. Une nouvelle campagne de 1553 à 1566 acheva le côté nord. Rémy
Mauvoisin finit la couverture de l'édifice entre 1582 et 1608 en laissant la
date de 1594 entre la deuxième et la troisième travée. L'église se trouvait
adjacente à la muraille.
L’étendue de la
paroisse reste la même que par le passé. Elle a pour limites, au sud celle de Saint-André,
à l’ouest Sainte-Savine et Saint-Martin, au nord Sainte-Madeleine et
Saint-Jean, et à l’est, Saint-Pantaléon.
Le clocher construit de l'autre côté de la ruelle sur le flanc nord a été détruit au XVIIIe siècle. Lorsque les fortifications furent rasées, le portail occidental fut édifié en 1840. La baie d'axe, derrière le maitre autel, ne date que de 1900.
Par le portail
occidental se fait l'entrée en en passant sous la chapelle au calvaire ; elle
est en quatre travées, les deux centrales étant plus importantes. Les deux des
extrémités ont de petites ouvertures ovales pour y faire entrer la lumière. Le
pilier central possède un bénitier décoré d'un blason portant C.R et I.L. qui
date du XVIIe siècle. Une statue de saint Roch posée là accueille le pèlerin.
